Após a implantação do sistema de Capitanias Hereditárias , coube a Pero de Goes a capitania de Paraíba do Sul , que a princípio não mediu esforços para desenvolvê-la . Ao norte da capitania a povoação que recebeu o nome de Vila da Rainha experimentou algum progresso com a plantação das primeiras mudas de cana-de-açúcar no norte fluminense no século XVI tendo inclusive notícia da montagem de um trapiche. Interessado em angariar novos recursos, viajando à Portugal confia a Vila do seu auxiliar Jorge Martins que conseguiu manter os nativos (índios Goitacá) o acordo de 'paz' feito com o donatário e para sua surpresa ao retornar encontrou a Vila assaltada pelos índios; fato que provocou a debandada dos colonos.

Igreja Matriz de São João Batista - Construída em 1630, incendiada em 1882, sofreu várias reformas, sempre mantendo suas linhas originais.

   Desapontado, Pero de Goes retornou a empreitada plantando novas sementes de cana-de-açúcar, chegando inclusive a encomendar escravos, porém mesmo após ter proposto uma trégua aos goitacá, estes traídos por piratas da costa voltaram a atacar a Vila, incendiando canaviais e destruindo o que pela frente encontrassem. Vendo mais uma vez seus sonhos ruírem, em 1619, Pero de Goes abdica de seus direitos hereditários, retornando com a família para Portugal.

   Com a Capitania abandonada, o então Governador do Rio de Janeiro, Martim de Sá, atendendo determinação do Rei de Portugal, de que as terras fossem divididas em sesmarias, daí o parecer favorável a reivindicação dos chamados "Sete Capitães" em 1627.

   Antes da chegada dos "Sete Capitães", a planície goitacá já era ocupada por pescadores oriundos de Cabo Frio que descendo o litoral, por volta de 1622 fundaram um pequeno aldeamento junto a foz do rio paraíba do sul, no local onde estava situada a primeira Igreja de Nossa Senhora da Penha, em Atafona. Este foi o primeiro núcleo efetivo de colonização no norte fluminense.

   A Vila fora criada com a denominação de Vila de Paraíba do Sul sobre os cuidados dos irmãos Martim e João Corrêa de Sá. Era subordinada a Cabo Frio, só em junho de 1677 foi instituída a Vila de São João da Praia.

   Paralelamente foram nomeados os primeiros administradores e eleitos os oficiais da Câmara, que esperaram algum tempo até terem uma casa decente para as suas reuniões - a Cadeia Pública, inaugurada em 1797, cujo andar superior funcionou o Senado da Vila cortada pelo rio paraíba.

   Neste período a população era composta por barraqueiros, traficantes, taberneiros, lavradores e pelos que se empregavam na pesca. Contava também com um campo nativo intitulado Campo da Praia, muito propício a criação de gado vacum. Neste período as principais plantações eram de mandioca, milho e feijão. Próspera nos séculos que seguem instalam-se na vila engenhos e estaleiros que não só fabricam embarcações para o comércio marítimo, como também barcas para o transporte de açúcar e aguardente e demais gêneros dos engenhos pelos rios Paraíba e Muriaé.

   No começo do século passado a Vila de São João da Praia já havia experimentado considerável desenvolvimento econômico e demográfico, devido principalmente à navegação e à sua produção agrícola. Um sintoma dessa emancipação e que o Imperados em 1839, criou na Vila um colégio eleitoral independente do de Campos. Após uma visita à Vila em 1847, o Imperador D. Pedro II não tendo dúvidas de seu crescimento em 17 de junho de 1850 assinou a Lei que elevou a Vila à categoria de cidade, com o nome de São João da Barra. Logo foram criadas as freguesias de Barra Seca, São Sebastião do Itabapoana, São Luis Gonzaga (atual Maniva) e Amparo do Taí (atual Pipeiras). Um telégrafo foi inaugurado em 1870 e instalado inicialmente na casa do subdelegado de polícia Luiz Gomes Moreira e Souza.

   Em novembro de 1995 um plebiscito separou o município de São João da Barra do então Distrito de São Francisco de Paula, que adotou o nome São Francisco do Itabapoana.

   O mais novo produtor de petróleo do Brasil, com quase quatro séculos de história tem muita coisa para mostrar. Com cinco belíssimas praias, São João da Barra também possui exuberante vegetação, culinária, patrimônio arquitetônico da época do Império e, no verão, se transforma na capital do turismo do Norte do Estado do Rio de Janeiro.

   O turismo sanjoanense tem sabor de lendas e a magia que envolve está nas praias, ruas, praças, avenidas e no coração de cada pessoa. São João da Barra convida você para conhecer e saber porque aqui tudo é muito mais prazer.